白靈菇菌絲長滿菌袋后必須經過一段時間的后熟培養，才能達到生理成熟，否則即便創造出菇條件也不能正常出菇。生理成熟期的管理方法和發菌期基本相同。袋溫在20—24℃，生理成熟期為30 天左右。
菌袋沒有達到生理成熟所要求的時間與積溫，也有少量菌袋形成原基開始出菇。遇到這種情況我們不要急于出菇，而是仍按白靈菇后熟期管理。如果此時降溫出菇，由于多數菌袋仍沒達到完全生理成熟，其結果不但出菇率低，而且產量也低。
搔菌：白靈菇菌袋達到生理成熟前五天進行搔菌。搔菌的方法是：將菌袋兩頭打開，用已經75%酒精消毒過的小鉤，扒掉料面中央部位直徑為3—4㎝范圍內的菌種。注意盡量不要傷害菌絲并迅速將袋口擰死，以防料面水分蒸發。搔菌的目的就是防止白靈菇原基在老菌種塊上形成，以便幼菇生長健壯。白靈菇菌袋搔菌五天后進入催菇管理階段。
